ลำดับภาพรางวัลประจำปีชื่อรางวัลรายละเอียดรางวัลมอบโดย
2548รางวัลบัณณาสสมโภชรางวัลพระราชทานจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี มอบให้โรงเรียนที่มีผลการดำเนินกิจกรรมส่งเสริมการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์ดีเด่นจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
2553รางวัลบัณณาสสมโภชรางวัลพระราชทานจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี มอบให้โรงเรียนที่มีผลการดำเนินกิจกรรมส่งเสริมการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์ดีเด่นจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
2555รางวัลโครงการวิทยาศาสตร์สู่ความเป็นเลิศ (Thailand Public Service Awards) ในฐานะโรงเรียนที่มีการจัดการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์เพื่อการพัฒนาอย่างยั่งยืนได้รับรางวัลในฐานะโรงเรียนที่มีการจัดการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์เพื่อการพัฒนาอย่างยั่งยืน มีการนำความรู้ทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีมาสร้างสรรค์ประโยชน์ต่อสังคมอย่างเป็นรูปธรรมจนเป็นที่ประจักษ์วุฒิสภา
2556ผลประเมินผ่านเกณฑ์ ในการปฏิบัติตามข้อแนะนำสุขลักษณะที่ดีของครัวผลิตอาหารสำหรับคนหมู่มาก จากโครงการสร้างความเชื่อมั่นอาหารไทยปลอดภัยมีคุณภาพ (Eat Safe Eat Smart) ร้านอาหารในโรงอาหารของโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ได้รับการตรวจประเมินตามข้อแนะนำสุขลักษณะที่ดีในการผลิตอาหาร โดยผลประเมินปรากฏว่าผ่านเกณฑ์สถาบันอาหาร กระทรวงอุตสาหกรรม
2556รางวัลบริการภาครัฐแห่งชาติ ในด้านการพัฒนาการบริการที่เป็นเลิศ ระดับดีเด่นได้รับรางวัลจากผลงาน “การพัฒนานักเรียนที่มีความสามารถพิเศษด้านคณิตศาสตร์และวิทยาศาสตร์”สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร.)
2557ผลประเมินระดับดีมาก จากโครงการ "ครัวอาหารของไทย ก้าวไกลมาตรฐานสากล"ร้านอาหารในโรงอาหารของโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ผ่านเกณฑ์ดีเยี่ยม จากการประเมินการจัดการสุขลักษณะที่ดีในการผลิตอาหารสถาบันอาหาร กระทรวงอุตสาหกรรม
2556-2557รางวัลหน่วยงานของรัฐที่ปฏิบัติตามเกณฑ์มาตรฐานตัวชี้วัดความโปร่งใสของหน่วยงานภาครัฐที่กำหนดภายใต้พระราชบัญญัติข้อมูลข่าวสารของราชการ พ.ศ. 2540 ระดับดีเด่นสำนักงานปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี ได้กำหนดให้หน่วยงานรัฐจัดตั้งศูนย์ข้อมูลข่าวสารของราชการขึ้น รางวัลนี้มอบแก่โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ในฐานะเป็นหน่วยงานต้นแบบในการจัดตั้งศูนย์ข้อมูลข่าวสารของราชการสำนักนายกรัฐมนตรี
2558รางวัลบัณณาสสมโภชรางวัลพระราชทานจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี มอบให้โรงเรียนที่มีผลการดำเนินกิจกรรมส่งเสริมการเรียนการสอนวิทยาศาสตร์ดีเด่นจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
2557 และ 2558ผลการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ (Integrity & Transparency Assessment) โดยภาพรวมอยู่ในระดับสูงได้รับคะแนนสูงสุดเป็นลำดับที่ 10 ของหน่วยงานภาครัฐ จาก 115 หน่วยงาน และเป็นคะแนนสูงสุดขององค์การมหาชน จาก 50 หน่วยงาน 2 ปีซ้อนสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (สำนักงาน ป.ป.ช.)
2558รางวัลสถานศึกษาดีเด่น จากการประเมินคุณภาพภายนอกเป็นรางวัลจากการประเมินคุณภาพและมาตรฐานในการจัดการเรียนการสอนและการบริหารจัดการสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน) หรือ สมศ.
2559รางวัลบริการภาครัฐแห่งชาติ (Thailand Public Service Awards) ในด้านการพัฒนาการบริการที่เป็นเลิศ ระดับดีได้รับรางวัลจากผลงาน “โครงการพัฒนาความรู้ทางวิชาการด้านคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยี สำหรับครูระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ที่จัดการเรียนการสอนนักเรียนห้องเรียนวิทยาศาสตร์ สังกัด สพฐ.”คณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร.)
2559รางวัล Thailand IPv6 Ready Award ในฐานะหน่วยงานที่ประสบความสำเร็จในการดำเนินการปรับเปลี่ยนเครือข่ายไปสู่ IPv6โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ได้ดำเนินการปรับเปลี่ยนโพรโทรคอลอินเทอร์เน็ตจากเครือข่ายเดิมไปสู่ IPv6 ตามมติคณะรัฐมนตรีที่ให้หน่วยงานต่างๆ ดำเนินการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐาน การพัฒนาบุคลากร การส่งเสริมการให้บริการ และการสร้างความตระหนักและให้ความรู้ในการใช้งาน IPv6 เมื่อดำเนินการเสร็จเรียบร้อยแล้ว โรงเรียนจึงได้รับรางวัลดังกล่าวในฐานะที่ประสบความสำเร็จในการดำเนินการ กระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร (ชื่อกระทรวงในขณะนั้น ปัจจุบันเปลี่ยนมาเป็นกระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม)
2560 รางวัล Thailand IPv6 Award 2017 รางวัลสำหรับหน่วยงานที่ให้บริการเครือข่ายอินเทอร์เน็ตพื้นฐาน 3 ด้าน คือ เว็บไซต์ (Website) จดหมายอิเล็กทรอนิกส์ (e-mail) และโดเมนเนม (DNS) กระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม
2560 โรงเรียนแบบอย่างด้านการพัฒนาและส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรมให้นักเรียนเป็นผู้มีจิตสาธารณะร่วมแบ่งปันช่วยเหลือเด็กในครอบครัวยากไร้
รางวัลในโครงการ "The Heart of Giving" ประจำปีการศึกษา 2560 มูลนิธิศุภนิมิตแห่งประเทศไทย
2560 รางวัลองค์การมหาชนดีเด่น ประจำปี พ.ศ. 2560 รางวัลสำหรับองค์การมหาชนที่มีการบริหารจัดการดีเด่น คณะกรรมการพัฒนาและส่งเสริมองค์การมหาชน (กพม.)
2561 รางวัลการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2561(ITA Awards) โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์เป็นหน่วยงานที่มีผลคะแนนการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานรัฐ ประเภทองค์การมหาชน ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2561 สูงสุด สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.)
2561 รางวัล Thailand IPv6 Award 2018 รางวัลสำหรับหน่วยงานที่มีความพร้อมในการบริการเครือข่ายอินเทอร์เน็ตพื้นฐานและบริการที่รองรับ IPv6 และผ่านเกณฑ์ที่กำหนด กระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม